PKA sind vor allem für kaufmännische Tätigkeiten in einer Apotheke zuständig. Hierzu gehören: Abrechnungen mit Krankenkassen, Schriftverkehr, Warenbestellung und Überprüfung der Lieferung und Lagerung der Waren, Preiskalkulation und Inventur sowie der selbstständige Verkauf von Waren, die zwar keine Medikamente sind, aber im weitesten Sinn der Gesundheit dienen (Verbandstoffe, Spezialkosmetik, Heilkräuter, Babynahrung). Außerdem helfen sie bei pharmazeutischen Tätigkeiten wie der Herstellung von Arzneimitteln in der Apotheke mit und gestalten die Verkaufsflächen und die Apothekenschaufenster (Präsentation der Waren). Im Bereich Wareneinkauf und Lagerhaltung ermitteln die Pharmazeutisch-kaufmännischen Assistentinnen und Assistenten den Warenbedarf des Betriebes, holen Angebote von Lieferfirmen ein und bestellen die benötigten Waren. Sie überwachen die Einhaltung der Liefertermine, kontrollieren die gelieferten Waren und Lieferpapiere und führen bei Mängel oder Transportschäden Reklamation durch. Sie lagern die Apothekerwaren gemäß den gesetzlichen Lagerungsvorschriften (besonders wichtig bei empfindlichen Arzneimitteln) und führen regelmäßige Qualitätskontrollen an den gelagerten Produkten durch (z. B. Kontrolle der Ablauffristen). Im Verkauf assistieren sie den Apothekerinnen und Apothekern und beraten selbstständig Kundinnen und Kunden über Produkte, die nicht zu den Medikamenten zählen, informieren sie z. B. über Anwendungsmöglichkeiten und Verwendung von Kosmetika, Tees, Pflegeprodukten. Besonders wichtig ist es dabei zu wissen, wann sie ein Beratungsgespräch an die Apothekerin, den Apotheker übergeben müssen, weil es um medizinische Produkte und Anwendungen geht. Pharmazeutisch-kaufmännischen Assistentinnen und Assistenten wirken außerdem bei der Gestaltung des Verkaufsraumes mit. Sie platzieren die Produkte in Regalen, auf Tischen und Verkaufsständern (z. B. Drehständer), dekorieren Auslagen und den Innenraum und überlegen sich dabei, auf welche Produkte man die Kundinnen und Kunden besonders aufmerksam machen möchte und wie diese gut zur Geltung kommen. Sie bringen Informationsplakate an und legen Werbe- und Informationsfolder aus. Im Büro arbeiten sie außerdem an der Buchhaltung und Kostenrechnung mit und unterstützen im Schriftverkehr und in der Abrechnung mit Krankenkassen. Ein weiterer wichtiger Aufgabenbereich der Pharmazeutisch-kaufmännischen Assistentinnen und Assistenten sind Arbeiten im Labor sowie das Assistieren bei verschiedenen Apothekertätigkeiten. Beispielsweise helfen sie beim Zubereiten von Arzneimitteln (Arzneipulvermischungen, Teemischungen, Salben, Zäpfchen, Tinkturen, Tropfen usw.) mit, sie füllen Tinkturen in Flaschen ab, mischen Salben an oder stellen verschiedene Alkohollösungen, Pasten und Cremes her. Weiters sterilisieren und desinfizieren sie diverse Werkzeuge, Geräte, Ampullen, Behälter und Flaschen mittels Dampfsterilisation oder mit speziellen Chemikalien. Sie reinigen medizinische Hilfsgeräte wie Apothekerwaagen und stellen deren Funktionen ein.